建筑總包開工時候到稅局繳納了按合同金額比例的工傷保險，這種工傷保險后面需要進行什么登記才能生效還是直接這個總包合同內(nèi)的分包等工人都可以簽訂合同那些就可以用？

老師們，小建筑工程公司的一個700多萬的合同，我們是乙方，就這個一個項目快竣工了，而且是分包出去的，等于項目經(jīng)理掛靠我們乙方公司的資質(zhì)承包的這個項目，合同里也寫地非常明確乙方承包的施工隊農(nóng)民工工資與乙方簽訂勞動合同并繳納社保并提供月工資表名單，可實際上這部分人工費甲方未按合同履行，而是直接給這農(nóng)民工發(fā)了工資，但是這部分農(nóng)民工的個人所得稅申報在乙方公司提交的，我才來幾天，我所在的乙方公司小會計居然又拿這部分農(nóng)民工工資虛計提了工資，貸方都掛到其他應付老板（表示墊付的）累計900多萬了，可實際上賬上根本沒有那么多的錢，這一個合同也就700多萬，工程款還都沒有及時撥過來，卻要求開票

老師，我們公司和甲方簽訂了建筑服務裝修施工合同，工程總價為116萬，元月份項目施工結(jié)束。聽老板說這個項目是分包給了某人。但是我沒有見到分包合同。元月份我們公司支付供應商材料款30萬左右，供應商有開票給我們，同時有合同和送貨單，這些都是規(guī)范的。我們公司直接支付人工費3.6萬(以工資薪金方式直接打款到農(nóng)民工銀行卡的)。沒有繳納社保，這個月我準備把這些工人的個稅申報了。我是建筑小白，在這個項目中，我們公司的操作哪些是合適的？哪些是不合適的？不合適的地方應該怎么改正？(辛苦老師說詳細點，謝謝了)

老師 我們是房開企業(yè) 跟建筑方乙方個人也就是實際控制人簽的建筑施工合同（只是主體建設(shè)）合同單價是一千對一平方，但是接著以我們甲方和建筑公司乙方又以2千多每平方單價報給相關(guān)住建部門備案（我估計當時是為了增加開發(fā)成本這樣做的，并且建筑方的承包內(nèi)容還是主體和基樁部分）現(xiàn)在甲乙雙方為了把單價提高就將甲方的部分工程讓給乙方承包了，到時候甲方要結(jié)算給乙方的，那么要怎樣操作比較合規(guī)呢？是否需要對報給住建部門的合同進行補充合同承包內(nèi)容呢？我們公司對以后土增稅清算需要做足哪些補充事項保證是合規(guī)的呢？還有這樣有沒有什么風險？