一、企業(yè)所得稅。法人股東將持有的其他公司股份轉讓出去發(fā)生利益所得，需要并入企業(yè)應納稅所得額計算繳納企業(yè)所得稅。并且《國家稅務總局關于貫徹落實企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》(國稅函〔2010〕79號)規(guī)定，企業(yè)在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業(yè)未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。所以，計算轉讓所得時不能扣除應歸屬于上述公司被投資企業(yè)的未分配利潤。即即便是股權轉讓所得中包含稅后利潤，也不能確認企業(yè)所得稅免稅收入。當然如果在股權轉讓之前先分配，符合條件的權益性投資收益屬于企業(yè)所得稅免稅收入。 二、個人所得稅。自然人股東將持有的股權轉讓所實現(xiàn)的利得按照“財產轉讓所得”20%計算繳納個人所得稅。個人的應納稅所得額是轉讓股權的收入總額減去股權的原值和合理費用后的剩余金額。在股權轉讓交易中，轉讓方為納稅義務人，?受讓股權的一方是扣繳義務?，履行代扣代繳稅款的義務。 三、印花稅。非上市公司發(fā)生的股權轉讓是按照“產權轉移數(shù)據(jù)”繳納印花稅，稅率為價款的萬分之五，并且是合同簽訂的雙方均為印花稅納稅義務人。納稅義務人為小規(guī)模納稅或小型微利企業(yè)，可以享受減半征收印花稅優(yōu)惠政策。 四、以股權轉讓名義轉讓土地會涉及土地增值稅。一般來說，股權轉讓并不發(fā)生被投資企業(yè)不動產產權的轉移，所以不存在土地增值稅之說。但在實務中，對于明顯是以轉讓股權之名間接轉讓土地使用權的，在股權轉讓環(huán)節(jié)，由收益取得方即股權轉讓方繳納土地增值稅。但按照國稅函[2000]687號文件，繳納土地增值稅必須滿足三個條件：1、股權轉讓行為為一次性行為;2、轉讓100%股權;3、以股權形式表現(xiàn)的資產主要是土地使用權、地上建筑物及附著物。只有同時滿足上述三個條件才能適用687號文件對以股權轉讓方式轉讓房地產的行為征收土地增值稅。如果以股權轉讓方式轉讓房地產行為的最終目的是為了避稅，那么企業(yè)通過多次股權交易或者轉讓99%的股權，就不滿足國稅函[2000]687號的適用條件，是不征收土地增值稅。主要是因為，被轉讓股權的企業(yè)名下有大量不動產，在股權轉讓后，該公司的實際控制人會發(fā)生變化，間接的導致了不動產所有人發(fā)生變化，稅法規(guī)定這樣相當于不動產轉讓，需要繳納土地增值稅。