員工工資扣款做賬方式可以分為兩種，一種是發(fā)放工資時抵扣處理，即在發(fā)放員工工資時，將所扣款項一起發(fā)放，例如抵扣社保繳費等；另一種是后補(bǔ)足款項的處理，即在發(fā)放員工工資后，再給員工補(bǔ)足社保繳費等費用。

抵扣處理：財務(wù)在發(fā)放員工工資時，先在系統(tǒng)里錄入扣款信息，發(fā)放工資時，結(jié)合扣款信息，將扣款金額一起發(fā)放給員工，發(fā)放后將員工工資進(jìn)行應(yīng)扣項目的核減，剩余部分才會進(jìn)行發(fā)放；扣款項可以連帶發(fā)票，社保繳費用一般可以作為繳稅憑證保存。

后補(bǔ)足款項的處理：如果發(fā)放員工工資時，不能一起抵扣，此時可以先發(fā)放員工完整工資，再支付相關(guān)費用，給員工補(bǔ)足款項，補(bǔ)足完成后，在記賬時同時記賬發(fā)放工資及補(bǔ)足款項，以便看清賬務(wù)的真實情況。

以上就是員工工資扣款的賬務(wù)處理方式，在扣款、補(bǔ)足時，需要財務(wù)在記賬時務(wù)必實時、準(zhǔn)確記賬，以保證賬務(wù)的真實，以免出現(xiàn)審計問題。

拓展知識：在處理員工工資扣款時，還需要考慮連帶費用的計算問題，例如，如果員工工資涉及個稅，那么扣款后，可能會影響其個稅應(yīng)納金額，因此需要在計算個稅金額時及時考慮到工資扣款的情況。