一是改革財政總預(yù)算會計,提高預(yù)算信息質(zhì)量。由于國庫集中支付制度的實施,財政總預(yù)算會計可以較容易地獲取政府部門單位以及事業(yè)單位真實的預(yù)算收支信息。因此,財政總預(yù)算會計不必再按撥款數(shù)記賬,而是可以選擇按實際數(shù)記賬,以便提高財政總預(yù)算會計的信息質(zhì)量。二是解決國庫集中支付的科目名稱與行政事業(yè)單位科目差異的問題,完善行政事業(yè)單位會計的監(jiān)督功能。由于國庫集中支付制度的實施,國庫按照單位經(jīng)過審批的用款計劃撥付款項,單位無法隨意挪用資金,資金被貪污、閑置的現(xiàn)象減少。三是改革與完善行政事業(yè)單位會計的會計核算范圍、會計科目、會計報表,全面反映行政事業(yè)單位的財務(wù)信息。由于國庫集中支付制度、部門預(yù)算等制度的實施,行政事業(yè)單位的預(yù)算外資金、制度外資金不再游離財政約束之外,而是納入預(yù)算管理范疇。行政、事業(yè)單位的“小金庫”逐漸被清理,收支活動不合法、不合理現(xiàn)象逐漸減少。完善行政事業(yè)單位會計的會計核算范圍、會計科目可以更加全面、真實地反映行政、事業(yè)單位資金的收支活動。四是行政事業(yè)單位會計可逐步引入權(quán)責(zé)發(fā)生制,以便更好地核算與反映行政事業(yè)單位的財務(wù)狀況?,F(xiàn)金收付核算基礎(chǔ)下行政事業(yè)單位拖欠供貨商的貨款未體現(xiàn)在行政、事業(yè)單位的賬上,行政、事業(yè)單位的財務(wù)狀況未得到如實反映。國庫集中支付制度的實施有利于監(jiān)督、反映行政事業(yè)單位一些債務(wù),如政府采購款項。采用權(quán)責(zé)發(fā)生制有利于更好反映行政事業(yè)單位的財務(wù)狀況。