1、事業(yè)單位會計科目設置有許多基金科目，如固定基金、事業(yè)基金、專用基金、周轉金等，而企業(yè)會計制度沒有。
2、事業(yè)單位會計分類與企業(yè)不同，事業(yè)單位支出類分為事業(yè)支出、經營支出、對所屬單位補助支出、上繳上級支出和其他支出；成本類分為科研成本、技術成本、其他業(yè)務成本、生產經營成本；收入也是財政補助收入、上級補助收入、事業(yè)收入、經營收入、附屬單位上繳收入、其他收入等；而企業(yè)單位總稱主營業(yè)務收入、其他業(yè)務收入，成本總稱為主營業(yè)務成本和其他業(yè)務成本，以及制造費用、生產成本等，沒有事業(yè)單位那么復雜。
3、事業(yè)單位有些會計核算與企業(yè)不同，如，專項撥款，都在該項目下進行收入與支出的核算，只有等項目完成后才上交或結轉權益類賬戶；而企業(yè)完全是成本核算方法，收支兩條線界定清晰。
4、事業(yè)單位與企業(yè)雖同是借貸記賬法，但記賬方法有所不同，有些項目需要同時記錄基金增加，如固定資產購買分錄：
借：科研成本
貸：銀行存款
同時，借：固定資產
貸：固定基金
5、事業(yè)單位與企業(yè)會計思路的區(qū)別，如，所有者權益，事業(yè)單位稱為凈資產，主要有固定資產基金、周轉金、事業(yè)基金（一般基金和投資基金）、專用基金；企業(yè)權益類是實收資本、資本公積、盈余公積、未分配利潤等。
目前我國事業(yè)單位仍執(zhí)行《事業(yè)單位會計制度》（97版），但許多事業(yè)單位，尤其是經營型事業(yè)單位在上報事業(yè)單位會計報表的同時，也上報企業(yè)
